三格式化粪池是由三个相互连通的密封粪池组成，粪便由进粪管进入池依此顺流至第三池，其各池的主要原理：
池
主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。
第二池
起进一步发酵、沉淀作用，与池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。
第三池
主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
无害化
有墙、有顶，厕坑及储粪池无渗漏，储粪池有盖，厕室清洁，无蝇蛆，基本无臭味，粪便及时清除。具有无害化处理设施的卫生厕所称无害化卫生厕所。
粪便无害化处理
是利用物理、化学或生物学的原理和方法以杀灭或去除粪便中的病原微生物、寄生虫卵和控制苍蝇孳生、消除恶臭、防止环境污染，同时还能保持粪便的肥效，处理后的粪便可以安全地应用于农业。
1）粪便转运站（场、码头）设施应完好、整洁。转运的粪污水应密闭贮存于贮粪池内。贮粪池应符合防渗漏、防臭气扩散和防蝇的要求，并设置防火、防爆安全设施。
2）贮粪池内的粪便应及时转运，不得外溢。
3）输粪管道应完好、畅通，闸阀应严密，无破损、滴漏。
4）转运作业时，粪便不得污染水体和作业场地。冲洗作业场地的污水应经适当处理，排入污水管网或收集池，不得直接排入附近水体。
5）将人力收集车的粪便转运到机动车时，应保持转运作业的紧密衔接，不得任意将粪罐、粪桶、手推粪车停放在主要道路上。
6）卸粪时应谨慎操作，不得将粪便泼洒在卸粪口周围地面。作业结束，应及时清洗卸粪口及作业场地。
7）粪便转运站（场、码头）应有灭蝇措施。在可视范围内，苍蝇不超过3只/次，无蛆，臭味不超过4级。
一般化粪池一年至少要清理两次。如果长时间不清理，沼气聚集太多，工人下去清理时容易缺氧 ，如果人直接下池，很容易陷下去，十分危险 环卫处清理化粪池都是先用吸粪车吸出表层液体，再用高压水冲洗，待气味发散一会儿后，才能下人清理淤积物 化粪池长期不清理，其中积存的沼气让化粪池变成了一个隐形“炸弹”，不清理或不专业的清理很容易将其引爆。清理化粪池其实也不难，现在清理化粪池都靠吸粪车，人工只是针对化粪池底淤积的固体 清理化粪池是要等化粪池内气体散尽后再下池，以免导致中毒窒息.每年至少清理两次，如果条件允许，多多益善。